Có rất nhiều hiện tượng thường gặp ở kho lạnh, để xử lý một cách tốt nhất đòi hỏi người kỹ sư vận hành phải có kiến thức vững và dày kinh nghiệm. 1. Hiện tượng lọt ẩm: Không khí trong kho lạnh có nhiệt độ thấp. Khi tuần hoàn qua dàn lạnh thì một lượng nước được ngưng tụ lại. Vì vậy phân áp suất hơi nước không khí trong buồng nhỏ hơn so với bên ngoài. Vì vậy hơi nước có khuynh hướng thẩm thấu vào phòng qua vách tấm cách nhiệt 2. Hiện tượng phù nền do đóng băng: Kho lạnh bảo quản lâu ngày, hơi lạnh truyền qua tấm cách nhiệt xuống nền đất. Khi nhiệt độ xuống thấp, nước đóng thành đá, quá trình này tích tụ lâu dài làm cho khối đá càng lớn dẫn đến phù nền, phá hủy kết cấu xây dựng của các tấm cách nhiệt. 3. Hiện tượng lọt không khí kho lạnh: Khi xuất hàng hoặc mở cửa thao tác kiểm tra, không khí bên ngoài sẽ thâm nhập vào kho gây tổn thất nhiệt đáng kể và ảnh hưởng đến chế độ bảo quản.